味噌作りの「何故?」
何故、表面にラップを貼るのか?

カビ対策の一つです。
カビは空気に触れるところにできます。仕込んだ味噌で空気の触れるところは表面部分だけなので、まずはピッタリとラップを張って空気を遮断します。これで大部分をカビから防ぐことができるでしょう。
しかし、これでも端の縁の部分はどうしても空気に触れてしまいカビが発生してしまいます。そこで、この部分には塩を薄く撒いておきます。これでまたカビは抑えられるはずです。
しかし、これでもまだちょっとだけ生えてしまいます。そこで、容器の蓋を閉める前に、アルコールを含ませた布を上に置いておきます。こうしておけば気化したアルコールが容器内の空気を殺菌し、その中のカビを防げるでしょう。噴霧する方法もあります。
これだけやればカビはかなり防げると思われます。
何故、重石の下に押し蓋をするのか?

これは味噌本体に均等に重さがかかるようにする為です。
平らに均した味噌表面を均等に押すのが理想的。最近は川原に転がっているような自然石は用いず、ホームセンター等に漬物用の平らな重石が販売されているので、これを使用する場合は不要です。要は上からの重さが味噌本体に均等にかかればいいのです。
均等にかからないと数ヶ月間の間に傾いてしまいます。 自然石の場合はもぐってしまうでしょう。味噌は熟成が進むとガスや水分(たまり)が出て来て柔らかくなります。傾いてしまうと低い方へ水分が偏ってしまい、水分の無い部分は乾いてしまいます。
底部の平らな面の少ない重石、自然石を使用している場合には押し蓋は必要です。
何故、重石を乗せるのか?

重石を乗せないでも味噌はできるにはできるのですが、数ヶ月間の熟成期間中にガスが発生し、味噌内部にたくさんの気泡ができてフカフカになり、更に、上部に固形物・下部に水分と分離してしまうことがあります。これでは味が偏ってしまいます。
これをなんとか均一にすべく、上から押さえつけて下部の水分を上へと上げようというわけです。
しかし、数ヶ月間ずっと手で押しているわけにはいきません。そこで重石を乗せるというわけです。しかしこの重石、重過ぎると今度は逆に、上部に水分・下部に固形物と上下逆転して分離してしまいます。理想は均一か表面に水分がうっすらと上がるくらいじゃないでしょうか?
無いと分離するし、重すぎると逆分離します。よって重石の重さは、液体が味噌表面ヒタヒタくらいになるような重さが理想的かと思います。
何故、容器の蓋をキッチリ閉めるのか?
頻繁に中身を取り出す場合は開け閉めの容易な蓋の方が便利だと思いますが、味噌は一度仕込んだら数ヶ月間放置しておくことになります。乗せるだけの単なる蓋だと小さな隙間があり、小さな虫が入り込むことも考えられるので、布や新聞紙などでくるみ、裾を紐でキッチリと縛る方法が良いでしょう。